Il clima della costa è molto più umido rispetto all'entroterra.
Watamu, come tutte le terre che si trovano nella fascia equatoriale, è soggetta ai monsoni che portano due distinte stagioni piovose.
Da metà Marzo a Ottobre spira forte il Kuzi da Sud-est; le temperature scendono leggermente ed arriva la stagione delle "grandi pioggie", nubifragi forti e pioggie torrenziali che hanno inizio alla fine di Aprile e durano, solitamente, fino alla fine di Giugno.
Con l'arrivo invece della brezza del Kaskazi, da Nord-est, che spira da Ottobre fino a Marzo, le temperature si innalzano e da Ottobre a Novembre arrivano le "piccole pioggie", che non sono altro che acquazzoni della durata di pochi minuti.
Arrivano all'improvviso e altrettanto velocemente spariscono, rinfrescando un po' l'aria, concentrandosi solitamente alla notte e la prima mattinata senza compromettere una giornata di sole e mare.
I monsoni influenzano anche il mare, più agitato e freddo con il Kuzi, che contribuisce a portare più alghe anche sulla sabbia, più calmo e caldo invece con il Kaskazi che ripulisce le spiaggie dalle alghe stesse.
Non ci sono grandissime differenze nelle temperature, durante l'anno variano tra 26° e 32°, ed è quasi sempre ventilato.
Il mese più caldo è Marzo, mentre Luglio e Agosto sono i più "freddi", ovvero con temperature che si aggirano attorno ai 26°!! Dunque, qual'è il periodo migliore per partire?
Semplice, tutto l'anno, salvo il periodo delle grandi pioggie!!